一、在仪器结构方面：
离子色谱和高效液相色谱均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于离子色谱和高效液相色谱所用的流动相不同，因而检测方式及信号处理也不同，在各部件上有一些差别。
 

1、离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，要求系统可以耐酸、耐碱，因此通常离子色谱装置采用非金属材质。例如：采用聚醚醚酮（PEEK）塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作为检测器，外接管路等。由于加工和强度方面的差异，一般情况下全塑的材料在耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。

高效液相色谱一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱性流动相，易产生腐蚀现象。随着高效液相色谱在生物领域的广泛应用，为了避免金属对一些生物活性物质的吸附作用，一些在生物方面应用的高效液相色谱仪器也采用PEEK材料作为泵体、流路和阀。在这一领域，离子色谱和高效液相色谱具有了一定的通用性。

2、离子色谱可分为抑制型和非抑制型，采用抑制器的抑制型离子色谱目前应用广泛。高效液相色谱没有类似的装置。抑制器在结构上与高效液相色谱的柱后衍生系统相似，但抑制器是抑制型离子色谱*组件之一。非抑制型离子色谱不用抑制器，与高效液相色谱十分相似，一些非抑制型离子色谱有时可以采用高效液相色谱的泵、流路和进样阀。 

3、检测器是离子色谱与高效液相色谱的又一主要差别。高效液相色谱常采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱通用的是电导检测器。

二、离子色谱与高效液相色谱的分析对象差别很大。
高效液相色谱作为分析仪器中广泛使用的一类仪器，在许多领域中被广泛应用。采用高效液相色谱时，常要求被测物具有一定光度吸收，因此高效液相色谱一般可以用于有机化合物的分析。而离子色谱主要利用离子在水溶液中电离产生电导的特点，因而主要用于无机离子的分析。

当然，离子色谱和高效液相色谱的应用并不是的没有交叉，目前离子色谱已经广泛用于有机化合物的分析，而高效液相色谱也可以解决大量无机离子的分析问题，两种分离模式具有一定的互补性。一些高效液相色谱无法解决的分析难题，可以尝试用离子色谱的方法来解决。